O Converter sempre deveria manter a tua configuração. O problema, como disse, é tentar setar o mesmo IP para duas interfaces (uma que está oculta por ser a física e outra não). Isso depende muito do teu OS físico e quais placas de rede tu tens instalada ou não.
Nas VMs que vem como DHCP, verifique a KB enviada pelo Mauro. Devem haver devices ocultos. Inclusive, voce pode ver erros de duplicate IP configuration wuando reconfigura o Windows, por exemplo.
Não creio que seja um bug, desde a versão 3 do Converter este tipo de situação é comum, e existem documentos da VMware para que o problema seja contornado. P2V é realmente difícil pela existencia de inúmeros cenários de hardware que o software da VMware tem que lidar.